Okay
Nach vier Tagen morgentlichen und abendlichen des Überprüfen des letzten Renderergebnis und dem Neustarten des Renderjobs habe ich rausgefunden, das die Videosourcen teilweise fehlerbehaftet sind.

Außerdem meint Apple mit MPEG4 wenn es um Codecs geht immer MPEG4 Part 2 ASP
Mit H264 ist dagegen dann MPEG4 Part 10 AVC gemeint. Was ein großer Unterschied ist. ASP entspricht nämlich eher MPEG2.

MPEG$ AVC wird in ungefährt vier Profile unterschieden. Base, Extended, Main und High. Wobei Apple den letzter nicht in Quicktime implementiert hat. Das kann hingegen x264. Auf einem japanischen Blog kann man ein Quicktime-Plugin für x264 encoding herunterladen. um deocodier sollte man dann MPlayer OS X extended verwenden.